Výsledkem výzkumné a sběratelské činnosti muzea je stálá národopisná expozice Slovácko.V dalších sálech hlavní budovy muzea ve Smetanových sadech se pravidelně obměňují vlastní i převzaté krátkodobé výstavy věnované české i světové etnografii, historii, archeologii a užitému umění.

K muzeu patří kromě galerie taktéž volně přístupné archeologické lokality (Výšina sv. Metoděje v Uherském Hradišti, Na Špitálkách ve Starém Městě, Na Díle v obci Modrá a Hradisko sv. Klimenta v Osvětimanech) i Památník Velké Moravy ve Starém Městě, Muzeum v přírodě v obci Topolná (zemědělské usedlosti č.p. 90 a 93) a Muzeum lidových pálenic ve Vlčnově.