Původně kostel sv. Jana Křtitele je dnes jednou z nejstarších památek Uherského Brodu. První zmínky pocházejí již ze 13. století. V souvislosti s vybudováním nového farního kostela Neposkvrněného početí Panny Marie byl kostel v roce 1784 odsvěcen a využíván jako sklad munice, obilí nebo jako hasičská zbrojnice. V roce 1898 bylo v jedné z jeho bočních lodí umístěno městské muzeum. Do užívání Československé církve husitské přechází kostel v roce 1920, ta jej spravuje dodnes. V současné době zde naleznete archeologickou expozici ve formě prosklené podlahy, kde je možné shlédnout základy původního gotického kostela ze 13. století.