Muzeum sídlí v části dochovaného městského opevnění ze 14.–16. století s barokním sálem pocházejícím z let 1690–1693. Stálá expozice Komenský lidstvu, věnovaná životu a dílu významného rodáka, je doplněna o expozici regionální historie a etnografie s názvem Starožitnosti Uherskobrodska. Mimo tyto expozice muzeum spravuje expozici Pamětní síň JUDr. Václava hraběte z Kounic na Panském domě v Uh. Brodě a etnografickou expozici Rolnický dům a hospodářství ve Vlčnově. Zájemci mohou rovněž navštívit řadu krátkodobých tematických výstav připravovaných podle ročního výstavního plánu. Součástí muzea je obsáhlá knihovna s významnou regionální a komeniologickou literaturou.